安徽中医药大学第二附属医院药学部创办于1985年，迄今已有30年的历史。如今的药学部已发展成为一支年轻的，充满活力的，高素质的、设备先进、管理科学、功能齐全的现代化科室。负责全院药品供应、药事管理、药学科研与教学、药物制剂、药物检验及中药炮制等工作，为临床提供安全有效的用药，并为患者提供优质高效的药学服务。 
  药学部依据《药品管理法》以及各项法规建设科室，医院设立药事管理与药物治疗学委员会，药品不良反应报告及监测工作机构，各部门建立相应的规章制度和工作制度，强化制度和法规性的管理。同时，药学部内各主要部门还实现了网络信息化管理，对提高药学部内部管理的科学化，药品管理的规范化、系统化以及药品质量的监控发挥了很好的作用。  
  科室47名员工中主任中药师1人，副主任中药师2人，硕士研究生学历17人，本科学历10人，主管药师18人，药师18人，执业药师20人，药士等专业技术人员7名。平均年龄35岁。药学部内根据工作职能分设药学部办公室、临床药学室、药品统计室、中草药房、中成药西药房、中草药库、中成药西药库、制剂室、中药客料加工及炮制室、煎药室等多个部门。
  科室于2010新增设临床药学室，大力开展药学技术服务与临床药学工作，并派遣年轻药师前往上海中山医院及安徽省中医院进修，中心工作是为临床医师和患者提供药物知识和合理用药的咨询服务和用药指引。负责医院药品不良反应报表的收集、整理、核实、数据归档和总结上报工作。临床药学室还积极收集国内外最新的药物治疗和不良反应信息，通过院内网向临床提供有价值的参考，与医生、护士密切配合协作，保证临床用药安全有效。
  科室在继承保持传统中医药特色方面具有明显优势，一年四季为病患及有保健需求的人群制作丸、散、膏滋等传统剂型，并配合临床科室制作冬病夏治、夏病冬治的方药，满足临床治疗和科研用药的需求。特别是冬令进补的中药膏方制作，我院自1995年开展至今已有20余年的历史，为医院创造了良好的社会效益和经济效益。
  科室注重科研与教学并重，2010年以来先后获得多项科研基金，主持省厅级课题十余项，发表论文20余篇，获得专利一项，积极进行医院制剂的申报工作，目前已批准制剂2项，另有4项制剂正在申报中，多年来一直承担着实习生教学工作，为全省各地、县（区）中医院培养出了大批优秀的药学人员。
  科室始终以人为本，坚持合理用药、以病人为中心服务临床，坚持科研和教学工作相结合，坚持中、西药并重并形成本院特色和优势。随着医院新大楼的启用和信息系统的不断完善，科室全体人员必将以更加精湛的技术和饱满的热情为广大临床患者提供优质的药学服务，齐心协力，锐意进取，促进药学部的不断发展进步。